ଶ୍ରୀଜଗନ୍ନାଥଙ୍କ ନୀଳାଦ୍ରିବିଜେ ପୂର୍ବର ଗୋଟିଏ ବିଶେଷ ନୀତି ହେଉଛି- ରତ୍ନସିଂହାସନ ମାର୍ଜନା। ପାରମ୍ପରିକ ଭାବରେ ଶ୍ରୀମନ୍ଦିରର ରତ୍ନସିଂହାସନର ରକ୍ଷଣାବେକ୍ଷଣ, ସଂମାର୍ଜନ ଓ ଜୀର୍ଣ୍ଣସଂସ୍କାର ଆଦି ଦାୟିତ୍ୱ ବଡ଼ ଓଡ଼ିଆ ମଠ ଉପରେ ନ୍ୟସ୍ତ ହୋଇଛି। ଐତିହାସିକ ସୂଚନା ଅନୁସାରେ, ପୁରୀ ବାସେଳି ସାହିର ଯେଉଁ ସ୍ଥାନରେ ଏହି ମଠ ଅବସ୍ଥିତ, ଗଜପତି ପ୍ରତାପରୁଦ୍ର ଦେବଙ୍କ ପାଟମହିଷୀ ଗୌର ପାଟ ମହାଦେଈ ସେହି ସ୍ଥାନକୁ ଓଡ଼ିଆ ଭାଗବତକାର ଜଗନ୍ନାଥ ଦାସଙ୍କୁ ଦାନ କରିଥିଲେ। ସେହି ସମୟରୁ ଶ୍ରୀଜଗନ୍ନାଥଙ୍କର ବିଭିନ୍ନ ସେବା ପୂଜା ଏହି ମଠ ଉପରେ ନ୍ୟସ୍ତ ହୋଇ ଆସିଛି। ସେ ଦୃଷ୍ଟିରୁ ଏହି ମଠର ସ୍ୱତନ୍ତ୍ର ମର୍ଯ୍ୟାଦା ରହିଛି।
ଶ୍ରୀଜଗନ୍ନାଥଙ୍କ ବଲ୍ଲଭ ନୀତି ପାଇଁ ପ୍ରତ୍ୟହ ବଲ୍ଲଭ ଭୋଗ ଯୋଗାଇବା ପରି ସେବା ସହିତ, ଶ୍ରୀଜଗନ୍ନାଥଙ୍କ ଅଣସରଠାରୁ ନୀଳାଦ୍ରିବିଜେ ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ କେତେକ ସ୍ୱତନ୍ତ୍ର ସେବା ଏହି ମଠକୁ ପ୍ରଦାନ କରାଯାଇଛି। ଅଣସର ସମୟରେ ଏହି ମଠ ପକ୍ଷରୁ ଚକଟାଭୋଗ ସାମଗ୍ରୀ ଯୋଗାଯାଏ। ପୁଣି ଅଣସର ପଞ୍ଚମୀର ଫୁଲରୀ ନୀତି ପାଇଁ ଏହି ମଠ ପକ୍ଷରୁ ସ୍ୱତନ୍ତ୍ର ଭାବେ ପ୍ରସ୍ତୁତ ଫୁଲରୀତେଲ ଯୋଗାଯାଇଥାଏ। ଶ୍ରୀଗୁଣ୍ଡିଚା ଓ ବାହୁଡ଼ା ଯାତ୍ରା ସମୟରେ ମଠ ପକ୍ଷରୁ ଆହୁଡ଼ାପନ୍ତି ଓ ବାହୁଡ଼ାପନ୍ତି ନାମରେ ପନ୍ତିଭୋଗ କରାଯାଏ। ଗୁଣ୍ଡିଚାଘରେ ଠାକୁରମାନେ ଥିବାବେଳେ ସେମାନଙ୍କର ସର୍ବାଙ୍ଗ ନୀତିପାଇଁ ଚନ୍ଦନ ଇତ୍ୟାଦି ସାମଗ୍ରୀ ଏହି ମଠପକ୍ଷରୁ ଯୋଗାଇ ଦିଆଯାଇଥାଏ। ସେହିପରି ଆଷାଢ଼ ଶୁକ୍ଳ ଦ୍ୱାଦଶୀରେ ରଥ ଉପରେ ହେଉଥିବା ଅଧରପଣା ନୀତି ପାଇଁ ସାମଗ୍ରୀ ମଧ୍ୟ ଏହି ମଠ ଯୋଗାଇଥାଆନ୍ତି।
ଶ୍ରୀଜଗନ୍ନାଥଙ୍କ ରଥଯାତ୍ରାରେ ଏହି ମଠ ପକ୍ଷରୁ କରାଯାଉଥିବା ଅନ୍ୟାନ୍ୟ ସେବା ନୀତି ହେଉଛି- ରତ୍ନସିଂହାସନ ଉପରେ ବନ୍ଧାଯାଉଥିବା ନୂଆ ତ୍ରିମୁଣ୍ଡି ଚାନ୍ଦୁଆ ଏହି ମଠ ଯୋଗାଇଥାଆନ୍ତି। ବିଶେଷକରି ନୀଳାଦ୍ରି ବିଜେ ଦିନ ଏହି ମଠ ପକ୍ଷରୁ ରତ୍ନସିଂହାସନର ମାର୍ଜନା କରାଯିବା ପରେ, ଶ୍ରୀବିଗ୍ରହମାନେ ରତ୍ନସିଂହାସନରେ ବିଜେ ହୁଅନ୍ତି। ଏଥିନିମନ୍ତେ ବଡ଼ଓଡ଼ିଆ ମଠର ମହନ୍ତ ପଟୁଆରରେ ଶ୍ରୀମନ୍ଦିରକୁ ଆସି ଚନ୍ଦନ ଓ କେଶର ଆଦି ଦ୍ୱାରା ରତ୍ନସିଂହାସନର ମାର୍ଜନା କରିଥାଆନ୍ତି।